Table 1

Primer sequences used to amplify genes of interest for sequencing

Gene target	Primer name	Description	Sequence 5′−3′	Fragment size amplified (bp)
23S rRNA	23Snest F	23S rRNA round 1 F	AGT GAA CGA GTG ATC AAG TAG C	785
	23Snest R	23S rRNA round 1 R	T CTA AAT ACG ATT TCC AAC CG
	F1-Mg*	23S rRNA round 2 F	GAA GGA GGT TAG CAA TTT ATT GC	266
	R1-Mg*	23S rRNA round 2 R	TTC TCT ACA TGG TGG TGT TTT G
gyrA	GyrA nest F	gyrA round 1 F	GCT AGA GAT GGA CTT AAA CCA G	251
	GyrA nest R	gyrA round 1 R	TGT GCA GCA GGT CTA TCA CC
	GyrA F	gyrA round 2 F	TAT GGT GCT TAT ATT GGT GGC	151
	GyrA R	gyrA round 2 R	ATC TTA ATG AAA AGT CTT GAG CC
parC	ParC nest F	parC round 1 F	CTT TAC CTG ATC TAA GAG ATG GG	251
	ParC nest R	parC round 1 R	ATT ATC CCC ATC CAC TGA ACC
	ParC F	parC round 2 F	GCT TAA AAC CCA CCA CTC C	139
	ParC R	parC round 2 R	GTT GTT CAG TTG TTC TTT CAG C

*Primer sequences taken from Touati et al.26